Biome Ende ist das letzte Biome-System in PokéRoguein der sich die Spieler der ultimativen Herausforderung des Spiels stellen müssen. In dieser Phase werden die Spieler mit den Wellen 191 bis 200 konfrontiert, wobei in jeder Welle einzigartige Pokémon auftauchen. Wenn der Spieler bereits eines dieser Pokémon erbrütet hat, kann er versuchen, ein zweites mit einem Pokeball zu fangen. Andernfalls können diese Pokémon nicht gefangen werden. Bei Welle 200 wird der Spieler von Eternatus, dem Endboss des Klassischen Modus, begrüßt. Eternatus verfügt über mächtige Fähigkeiten, und wenn sein Lebenswert auf das letzte Segment sinkt, verwandelt es sich in die Eternamax-Form. Biome End ist nicht nur ein großer Test für Strategie und Geschicklichkeit, sondern auch ein herausforderndes Abenteuer.