Fabrik-Biom ist ein einzigartiges Biom in PokéRogue das die Spieler zufällig über das Kraftwerk erreichen können. Pokémon des Typs Stahl sind in diesem Biom am häufigsten anzutreffen, und die Spieler haben die Möglichkeit, gewöhnliche Pokémon wie Machop, Magnemite und Voltorb sowie seltene Pokémon wie Metagross und Genesect zu fangen. In Factory Biome gibt es auch stationäre Gym-Leader wie Byron und Jasmine, die für ein herausforderndes und bereicherndes Kampferlebnis sorgen. Während der Spieler aufsteigt, erscheinen Pokémon in der Biome können in ihrer weiterentwickelten Form vorkommen, was den Spaß und die Vielfalt der Erkundung erhöht. Im klassischen Modus und im täglichen Durchlauf ändern sich die Biome nach jeweils 10 Wellen, während dieser Wechsel im Endlosmodus zufällig zwischen Welle 1 und 4 stattfindet.