Fin du biome est le dernier système de biome dans PokéRogueoù les joueurs devront relever le défi ultime du jeu. Dans cette étape, les joueurs devront affronter les vagues 191 à 200, avec des Pokémon uniques apparaissant dans chaque vague. Si le joueur a déjà fait éclore un de ces Pokémon, il peut tenter d'en capturer un second avec une Pokeball. Dans le cas contraire, ces Pokémon ne pourront pas être capturés. À la vague 200, les joueurs seront accueillis par Eternatus, le boss final du mode Classique. Eternatus possède un ensemble de compétences puissantes, et lorsque sa valeur de vie atteint le dernier segment, il se transforme en Eternamax. Biome End n'est pas seulement un grand test de stratégie et d'habileté, c'est aussi une aventure stimulante.