Biome de l'usine est un biome unique en PokéRogue auquel les joueurs peuvent accéder de façon aléatoire par le biais de la Centrale électrique. Les Pokémon de type Acier se trouvent principalement dans ce biome, et les joueurs auront l'opportunité d'attraper des Pokémon communs tels que Machop, Magnemite et Voltorb, ainsi que des Pokémon rares tels que Metagross et Genesect. Factory Biome propose également des Chefs de Gym fixes, tels que Byron et Jasmine, qui offrent une expérience de combat stimulante et enrichissante. Au fur et à mesure que les joueurs montent en niveau, les Pokémon apparaissant dans le biomes peuvent être sous leur forme évoluée, ce qui ajoute au plaisir et à la variété de l'exploration. En mode classique et en mode quotidien, les biomes changent toutes les 10 vagues, tandis qu'en mode sans fin, ce changement se produit de manière aléatoire entre les vagues 1 et 4.