Biome de montagne est un environnement de hautes terres en PokéRogue qui met principalement en scène des Pokémon rocheux et volants. Les joueurs peuvent non seulement capturer des Pokémon communs, mais aussi combattre de puissants Boss Pokémon tels que Pidgeot et Aggron. De plus, les conditions météorologiques de ce biome sont généralement plus stables, ce qui offre de bonnes opportunités de capture de Pokémon. Dans le Biome Montagne, les joueurs peuvent affronter un certain nombre de Chefs de Gym, dont Falkner, Skyla et Winona, qui utilisent une variété de Pokémon Volants et Normaux pour ajouter du challenge aux combats. Les biomes change toutes les 10 vagues en mode classique et en course quotidienne. En revanche, en mode Sans fin, ils changent aléatoirement entre les vagues 1 et 4.