Les Biome marin est le dernier des biomes spécialisés dans l'eau en PokéRogue. Les Pokémon qui apparaissent ici sont très rares, y compris certains Pokémon aquatiques rares et super rares. Il s'agit notamment de Lapras, Piplup et Popplio. Au fur et à mesure que vous montez en niveau, les formes évoluées de ces Pokémon apparaissent également. Sur le plan météorologique, le Biome marin a 20% de chances de ne pas avoir de temps pendant la journée et 80% de chances d'avoir de la pluie. Des conditions météorologiques différentes affectent la probabilité d'apparition de certains Pokémon. Marlon, le chef du gymnase, utilise des Pokémon d'eau, et le vaincre vous permettra d'obtenir de grandes récompenses. Comme pour les autres biomesEn mode Classique et en mode Daily Run, les biomes changent toutes les 10 vagues. En revanche, en mode Sans fin, le système de biomes change de façon aléatoire entre les vagues 1 et 4.