Bioma de montanha é um ambiente de terras altas em PokéRogue que apresenta principalmente Pokémon de rocha e voadores. Os jogadores podem não só capturar Pokémon comuns, mas também lutar contra poderosos Pokémon boss, como o Pidgeot e o Aggron. Além disso, as condições climatéricas do bioma são normalmente mais estáveis, proporcionando boas oportunidades para a captura de Pokémon. No Mountain Biome, os jogadores podem desafiar uma série de Gym Leaders, incluindo Falkner, Skyla e Winona, que utilizam uma variedade de Pokémon Voadores e Normais para aumentar o desafio das batalhas. Os biomas muda a cada 10 vagas no Modo Clássico e na Corrida Diária. No modo Infinito, por outro lado, mudam aleatoriamente entre as vagas 1 e 4.