O Bioma marinho é o último dos Biomas Especializados em Água em PokéRogue. Os Pokémon que aparecem aqui são de elevada raridade, incluindo alguns Pokémon de Água raros e super raros. Estes incluem Lapras, Piplup e Popplio. À medida que fores subindo de nível, as formas evoluídas destes Pokémon também aparecerão. Em termos meteorológicos, o Sea Biome tem uma probabilidade de 20% de não haver tempo durante o dia e uma probabilidade de 80% de chover. As diferentes condições meteorológicas afectam a probabilidade de aparecimento de determinados Pokémon. Marlon, o Líder do Ginásio, utiliza Pokémon de Água e derrotá-lo com sucesso resultará em grandes recompensas. Tal como acontece com os outros biomasNo Modo Clássico e na Corrida Diária, os biomas mudam a cada 10 vagas. No modo Infinito, por outro lado, o sistema de biomas muda aleatoriamente entre as vagas 1 e 4.