Biome marécageux est un biome humide et mystérieux situé à PokéRogueoù les joueurs rencontreront une abondance de Pokémon Eau et Poison. Cela est principalement dû au fait que les conditions météorologiques sont généralement sombres et humides, ce qui favorise l'apparition de Pokémon de type Eau. En outre, les joueurs peuvent également rencontrer des Pokémon rares tels que Totodile et Mudkip, bien qu'ils soient moins susceptibles d'apparaître. Janine et Roxie sont les Chefs de Gymnase de ce biome, et les joueurs seront récompensés en les battant. Enfin, comme pour les autres biomes, le mode classique et le Daily Run, biomes changera toutes les 10 vagues. Le système de biome du mode sans fin changera aléatoirement entre les vagues 1 et 4.